ETV6-RUNX1 leukemian puhkeamiseen ja etenemiseen vaikuttavien tekijöiden tunnistaminen.
Toni Grönroos, Lasten terveyden tutkimuskeskus, Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta, Tampereen Yliopisto
Leukemia on lasten yleisin syöpä ja Suomessa siihen sairastuu noin 50 lasta ja nuorta vuosittain. Lapsuusiän ALL:n tyypillinen ilmentymispiikki 2-5-vuoden iässä. Näillä leukemioilla on usein patologinen geenivirhe, joka on usein syntynyt jo sikiökautisen kehityksen aikana
Tämä tutkimusprojekti pyrkii löytämään vastauksia siihen mitkä ovat keskeisiä solunsisäisiä tekijöitä jotka ”ajavat” taudin syntymistä ja onko näille löydettävissä kohdennettua lääkehoitoa nykyisten sytostaattien rinnalle tai niiden osittaiseksi korvaajaksi. Tässä vaiheessa olemme tunnistaneet potilasnäytteistä useita keskeisiä lasten leukemiassa poikkeavasti ilmentyviä transkriptiotekijöitä (SOX11 ja MYOCD valittu jatkotutkimuksiin) sekä yhden potentiaalisen lääkehoitokohteeksi soveltuvan fosfataasimolekyylin (PTP4A3), josta saadut tutkimustulokset julkaistiin Joulukuussa 2016 Leukemia Research –lehdessä (Grönroos ym. 2016).
Tutkimusprojektissa syvennytään SOX11 ja MYOCD -transkriptiotekijöiden rooliin lasten akuutin leukemian kehittymisessä. Seuraavaksi tarkastelemme SOX11 transkriptiotekijän sitoutumista genomiin ja sen toimintaa genomin luennan säätelijänä tutkitaan erityisesti GRO-seq analyysin avulla. GRO-seq analyysit tehdään muokatuille solulinjoille, joissa SOX11 geeni on joko hiljennetty tai ylituotettu. Erilaisten soluviljelymallien avulla tarkastellaan myös geenispesifisten (MYOCD, SOX11) ekspressiomuutosten vaikutusta solujen kasvukykyyn. Tutkittavien geenien hiljentämisen ja ylituoton vaikutuksia tutkitaan leukemiasolujen kasvussa tarkastelemalla normaalien ja muokattujen solulinjojen välisiä eroja. Ovatko ko. transkriptiotekijät osana leukemian patogeneesiä? Tämän jälkeen jatkamme qPCR kokeilla, jotka kohdistuvat alavirran kohdegeeneihin sekä muutoksiin niiden säätelyssä.
Tutkimus kohdennetaan E/R ja T/P leukemia-alaryhmiin tuottaen yksityiskohtaista tietoa alatyyppien geenien säätelystä ja ilmentymisestä. Tutkimuksessa keskitytään poikkeavasti ilmentyneisiin molekyyleihin, joihin tehtävien kohdennettujen modifikaatioiden vaikutuksia tarkastellaan leukemiasolujen kasvun ja patogeneesin kannalta.