Transkriptiotekijävälitteisten säätelyalueiden toiminnan muutokset akuutissa B-solu leukemiassa (B-ALL)

Mari Lahnalampi, Biolääketieteen yksikkö, Terveystieteiden tiedekunta, Itä-Suomen yliopisto

Soluissa tapahtuvaa solujen erilaistumista säätelevät transkriptiotekijät (TF). Ne sitoutuvat geenin säätelyalueille (enhancer) johtaen geenien ilmentymisen säätelyyn. Tutkimme geenien säätelyalueita Global Run-On sekvensointi (GRO-seq) menetelmällä, jolla mitataan geenejä lukevien RNA-polymeraasin juuri tuottamia RNA-transkriptejä. Näin saadaan tietoa geenien luennan aktiivisuudesta genomilaajuisesti. Säätelytekijät ovat suuressa roolissa normaalissa solujen kehityksessä, joten niihin kohdistuvat muutokset sekä niiden toiminnan muutokset ovat tärkeä tutkimuskohde syöpätutkimuksessa. Tutkimusvierailullani City of Hopessa keskityn tutkimaan transkriptiotekijävälitteisten säätelyalueiden toiminnan muutoksia akuutin B-solu leukemian eri alityypeissä (B-ALL) ja tarkoituksena on verrata eri alityyppejä toisiinsa. Tavoitteena on eri pre-B-ALL alatyyppien luokittelu säätelyalueiden mukaan sekä alatyyppispesifisten säätelyalueiden validointi. Olen mitannut säätelyalueiden tasoja eri lasten pre-B-ALL potilasnäytteistä sekä solulinjamalleista ja verrannut alityyppejä keskenään selvittääkseni spesifimmät säätelyalueet tietyille aliryhmälle. LT, FT Markus Müschenin ryhmä on yksi johtavista leukemiatutkimusryhmistä Yhdysvalloissa ja he ovat kehittäneet hiirimalleja leukemiatutkimukseen (xenograft) sekä toimivan CRISPR-Cas9 välitteisen geenimuokkausmallin. Näiden mallien avulla on mahdollista tutkia geneettisiä muutoksia ja transkriptiofaktoreiden roolia ALL:ssa (Chan ym. 2017;  Schjerven ym. 2017) ja saada uutta tietoa leukemian biologiasta, mikä mahdollistaa uusien hoitomuotojen kehittämisen.