Aino-Maija Leppä (2019)

Aino-Maija Leppä

German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg, Saksa

Kompleksi karyotyyppisen AML:n geno- ja fenotyyppinen karakterisointi

Suuri osa syövistä, mukaan lukien AML, sisältävät yhden nukleotidin mittaisten muutosten lisäksi myös
suurempia kromosomimuutoksia, jotka vaikuttavat geenien ekspressioon kromosomin tai sen osien
saamisen, menettämisen tai vaihdon kautta. Kompleksi karyotyypin AML-potilailla luokitellaan olevan
kolme tai useampi kromosomipoikkeavuus, mikä tekee heistä oivan potilaskohortin rakenteellisten
muutosten tutkimiseen. Meidän tutkimushankkeemme tarkoitus on luoda kattava kuva
kromosomimuutosten laajuudesta kompleksi karyotyypin AML-potilaisnäytteissä tutkimalla
yksittäisten solujen rakenteellisia muutoksia. Hyödynnämme metodia nimeltä Strand-seq (Single strand
sequencing), jolla on mahdollista erotella kromosomin yksittäiset homologit yksisolutasolla. Tämä
mahdollistaa erityisesti kopioneutraalien kromosomimuutosten kuten inversioiden ja translokaatioiden
tutkimisen huomattavasti paremmalla resoluutiolla perinteisiin menetelmiin verrattuna. Rakenteellisten
muutosten karakterisoinnin lisäksi tukimme, löytyykö kompleksi karyotyyppisestä AML:stä
epäkypsempi leukeemisten kantasolujen populaatio ja miten se eroaa geeniekspressioltaan
varttuneempien leukeemisten solujen geeniekspressiosta. Uskomme, että kokonaisvaltaisempi
ymmärrys kompleksi karyotyyppisen AML:n heterogeenisyydestä on tärkeää edistämään käsitystä siitä,
miten rakenteelliset muutokset ajavat taudin evoluutiota eteenpäin ja mitkä mekanismit aiheuttavat
taudin resisitiivisen luonteen. Yhdistämällä eri menetelmillä saadut tulokset tavoitteenamme onkin
luoda geno-fenotyyppinen kartta kompleksi karyotyyppisestä AML:stä, jota voidaan hyödyntää uusien
targetoitavien heikkouksien löytämiseen.