Petra Nygren (2020)

Investigating the genomic landscape of NK-cell malignancies / NK-soluisten syöpien molekyyligeneettisten taustojen kartoittaminen

Petra Nygren, Helsingin yliopisto

NK-soluiset syövät ovat harvinaisia, mutta tyypiltään aggressiivisia syöpiä. Tämän tautiryhmän muodostaa Aggressiivinen NK solu Leukemia (ANKL) ja NK T solu lymfooma (NKTCL).  Ne ovat yleisimpiä Aasiassa ja Etelä-Amerikassa. NK-soluisten syöpien harvinaisuuden vuoksi tieto niiden molekyylipatologiasta on vielä riittämätön. Aiemmat tutkimukset NK-soluisissa syövissä ovat osoittaneet tautien olevan hyvin heterogeenisiä, mistä johtuen niiden geneettisen taustan perusteelliseen ymmärtämiseen vaaditaan aiempaa laajempia aineistoja. Aiemmissa tutkimuksissa on myös havaittu NKTCL:n ja ANKL:n olevan vahvasti yhteydessä Epstein-Barr virukseen. Tarkempaa tietoa siitä, miten virus liittyy neoplasian syntyyn, ei kuitenkaan vielä ole.

Tässä tutkimuksessa pyrimme yhdistämällä ja uudelleen analysoimalla aiemmin julkaistuja genominlaajuisia sekvensointiaineistoja ymmärtämään paremmin patogeenisten mutaatioiden todellisia frekvenssejä ja merkityksiä NK-soluisten syöpien synnyssä. Olemme keränneet dataa yli kahdestatoista eri julkaisusta. Tutkimuksen tavoitteena on saada selkeämpi kuva tautien molekyyligeneettisistä taustoista ja löytää lääkehoitojen kohteita, jotka voisivat soveltua kliiniseen käyttöön. Tavoittelemme myös ymmärrystä ANKL:n ja NKTCL:n keskeisistä eroista, ja vastausta kysymykseen, ovatko nämä erillisiä tauteja vai kenties jatkumo samasta patologiasta.

Yksisolu-RNA-sekvensoinnin avulla hankimme tietoa myös näiden syöpien sisäisestä heterogeenisyydestä, ja Epstein-Barr viruksen roolista niiden patologiassa.

Käynnistyneellä tutkimuksella tavoitellaan pidemmällä aikavälillä sekä nopeampaa että täsmällisempää diagnostiikkaa NKTCL:ssä ja ANKL:ssä. Lisäksi tutkimuksella pyritään avaamaan mahdollisuuksia hoitomenetelmien kehittämiseen löytämällä uusia täsmähoitojen kohteita.